Urodził się 4 maja 1915 r. w Gorzycach, w Wielkopolsce. Był szóstym dzieckiem z dziesięciorga rodzeństwa w rodzinie chłopskiej. Uczęszczał do gimnazjum w Poznaniu. Wówczas przystąpił do harcerstwa. Szybko został drużynowym 21. Poznańskiej Drużyny Harcerzy im. Tadeusza Reytana.
W 1934 r. rozpoczął studia na Wydziale Prawno-Ekonomicznym Uniwersytetu Poznańskiego. Został wybrany na wiceprezesa Akademickiego Koła Harcerskiego im. Adama Mickiewicza i kierownika wydziału młodzieży w Komendzie Chorągwi Wielkopolskiej. W latach 1937–1938 był instruktorem Centralnej Szkoły Instruktorskiej w Górkach Wielkich. Jego bezpośrednim przełożonym był drugi z późniejszych bohaterów Szarych Szeregów – Aleksander Kamiński. W 1938 r. uzyskał stopień harcmistrza. Był najmłodszym w historii harcerzem posiadającym tak wysoki stopień.
W pierwszych dniach września 1939 r. organizował w Poznaniu Wojenne Pogotowie Harcerzy, a po ewakuacji od 8 września – w Warszawie. W ramach tej służby harcerze tworzyli patrole sanitarne, angażowali się w pomoc przeciwpożarową, byli łącznikami do dyspozycji wojska. Zaczęto też wtedy organizować harcerskie grupy dywersyjne. Stanowiły one zaczątek przyszłych Szarych Szeregów.
Florian Marciniak i Szare Szeregi
27 września 1939 r., w dniu utworzenia Służby Zwycięstwu Polski, harcmistrz Florian Marciniak został naczelnikiem Harcerstwa Męskiego (Organizacji Harcerzy) ZHP. Przyjęło ono konspiracyjną nazwę Szare Szeregi. Florian Marciniak stanął na czele organizacji. Wraz z Leonem Marszałkiem był autorem deklaracji ideowej „Szare Szeregi. Manifest młodego pokolenia”. W pracy konspiracyjnej przyjął kilka pseudonimów – „Jerzy Nowak”, „Nowak”, „J. Krzemień”, „Szary”.
W wyniku rozmów prowadzonych przez Marciniaka z dowódcą Oddziałów Dyspozycyjnych Związku Odwetu i szefem Oddziału I KG AK w listopadzie 1942 r. jednostki harcerskie w Warszawie zostały podzielone na Grupy Szturmowe, Bojowe, Szkoły i Zawiszę.
Leon Marszałek, ostatni naczelnik Szarych Szeregów, pisał we „Wspomnieniu o Florianie Marciniaku”, że przeżywał on dylematy związane z perspektywą wejścia do pracy konspiracyjnej najmłodszych, chłopców w wieku 12–14 lat. Uważał, że jednym z najważniejszych zadań stojących przed dowódcami Szarych Szeregów jest przygotowanie młodzieży do przyszłego życia w wyzwolonym kraju. Program wychowania przez walkę przybrał nazwę „Dziś, jutro, pojutrze”. Marciniak dbał też, by w członkach Grup Szturmowych „tych dzielnych chłopcach zmuszonych przez sytuację historyczną do bezwzględnej walki z wrogiem, nie zamarło głębsze życie duchowe, wrażliwość na sprawy ludzkie, nie wygasły szersze zainteresowania intelektualne, a także zamiłowania zawodowe, […] kładł wielki nacisk na rozbudzenie w chłopcach potrzeby głębszego życia religijnego”.
Po aresztowaniu w nocy z 22 na 23 marca 1943 r. Jana Bytnara „Rudego”, dowódcy hufca „Południe” warszawskich Grup Szturmowych, Marciniak zaakceptował plan jego odbicia, przedstawiony przez Tadeusza Zawadzkiego „Zośkę” i Stanisława Broniewskiego „Orszę”, komendanta Chorągwi Warszawskiej. Uzyskał zgodę dowódcy Kedywu KG AK mjr. Jana Kiwerskiego na przeprowadzenie akcji, nazwanej później Akcją pod Arsenałem (26 marca 1943).
Aresztowanie Floriana Marciniaka
Doświadczenia tej akcji zostały wykorzystane podczas próby odbicia Marciniaka po jego aresztowaniu przez Niemców. Harcmistrz został aresztowany 6 maja 1943 r. w Warszawie przez gestapo. Okupantów doprowadziła do niego „wsypa” Wielkopolskiej Chorągwi Harcerzy.
Akcja odbicia go nie została zrealizowana z powodu niesprzyjających okoliczności. Podczas pierwszej próby ataku na konwój okazało się, że podąża on inną trasą niż przewidywana przez konspiratorów. Prawdopodobnie Niemcy prowokowali Armię Krajową do ataku, a w konwoju w rzeczywistości Marciniaka nie było. 11 maja, po kilku dniach od aresztowania, harcmistrz został wywieziony do Poznania i uwięziony w obozie koncentracyjnym w poznańskim Forcie VII. W okolicach Sochaczewa usiłował uciec, wyskakując z samochodu. Doznał poważnych obrażeń. Podczas śledztwa był torturowany przez gestapo, nie zdradził jednak żadnego ze współpracowników. Również w Poznaniu planowano odbicie harcmistrza. Atak na Fort VII był jednak całkowicie niewykonalny.
Śmierć Floriana Marciniaka
Florian Marciniak został zamordowany wraz z grupą wielkopolskich harcerzy zaraz po przewiezieniu go do obozu w Gross-Rosen na Dolnym Śląsku, prawdopodobnie 20 lutego 1944 r. Urna z ziemią z miejsca, w którym go zabito, została umieszczona w Krypcie Zasłużonych Wielkopolan w kościele św. Wojciecha w Poznaniu.
26 września 1942 r. w bazylice św. Krzyża przy Krakowskim Przedmieściu w Warszawie Marciniak poślubił Zofię Broniewską, siostrę Stanisława Broniewskiego ps. Orsza – jego następcy na stanowisku naczelnika Szarych Szeregów. Zofia Marciniak w styczniu 1945 r. została aresztowana, następnie wywieziona do obozu koncentracyjnego Bergen-Belsen, gdzie w kwietniu tego roku zmarła.
W 2006 r. Florian Marciniak został odznaczony przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski (PAP).