Urodził się 4 kwietnia 1870 r. (data urodzenia na podstawie Polskiego Słownika Biograficznego, część źródeł podaje datę 23 kwietnia 1876 r., taka widnieje na nagrobku generała) w Bryńcach Zagórnych koło Żydaczowa w Galicji. Pochodził z rodziny miejscowego leśnika. Uczył się w gimnazjach w Krakowie i we Lwowie. Możliwość dalszej nauki stwarzało wstąpienie w szeregi armii.
W 1895 r. wstąpił w szeregi szkoły kadetów w Wiedniu. W 1899 r. otrzymał awans do stopnia podporucznika i został przydzielony do 36. Pułku Piechoty Obrony Krajowej w Kołomyi. Ze względu na zły stan zdrowia w 1905 r. poprosił o przeniesienie do rezerwy. Później rozpoczął współpracę z wywiadem austro-węgierskim i według niektórych historyków także rosyjskim. Jako dziennikarz obserwował manewry armii niemieckiej. Oficjalnie był zatrudniony jako urzędnik krakowskiego magistratu, studiował także prawo i medycynę na Uniwersytecie Jagiellońskim. W tym czasie urodziła się trójka jego dzieci – syn i dwie córki. Drugi, najmłodszy, syn urodził się w 1916 r.
Roja w Legionach Polskich
Niemal natychmiast po wybuchu I wojny światowej wstąpił w szeregi Legionów Polskich. Jako jeden z najstarszych i doświadczonych oficerów otrzymał awans do stopnia kapitana. Jego zadaniem było sformowanie 4. Batalionu 2. Pułku Piechoty w ramach 2. Brygady Legionów. W czasie walk w Karpatach został ranny. Szybko awansował do stopnia pułkownika i wszedł w skład Rady Pułkowników zarządzającej Legionami. W czerwcu 1917 r. objął dowodzenie nad 3. Brygadą Legionów. W przeciwieństwie do większości oficerów i żołnierzy Legionów nie zdecydował się na protest przeciwko składaniu przysięgi na wierność władcom Państw Centralnych. Rozpoczął służbę w armii austriackiej. W tym czasie popadł w konflikt z innymi oficerami Legionów, ponieważ namawiał internowanych do powrotu w szeregi Polskiego Korpusu Posiłkowego. Ostatecznie dzięki pomocy części polityków galicyjskich został zwolniony z armii i powrócił do Krakowa.
Roja i Wojsko Polskie
Z nominacji Polskiej Komisji Likwidacyjnej 31 października 1918 r. objął dowodzenie nad wszystkimi oddziałami Wojska Polskiego tworzącego się w Galicji. Następnego dnia z rąk Rady Regencyjnej otrzymał awans do stopnia generała podporucznika. 12 listopada otrzymał potwierdzenie tej nominacji z rąk Józefa Piłsudskiego. Był jednym z dowódców odsieczy Lwowa. Od stycznia 1919 r. dowodził 2. Dywizją Piechoty Legionów na froncie walk z bolszewikami. W sierpniu tego roku jego oddziały wkroczyły do Mińska. Wiosną i latem 1920 r. organizował struktury polskiej armii na Pomorzu. Powołał ochotniczą, paramilitarną „Straż”, której celem było utrzymanie porządku na ziemiach przyłączonych do Polski. Na początku sierpnia 1920 r. otrzymał zadanie dowodzenia 2. Armią na północnym odcinku frontu. Krytykował ofensywne koncepcje dowództwa. Był oskarżany o defetyzm i pragnienie porozumienia z bolszewikami. Był nawet oskarżany o dążenie do ogłoszenia niepodległości Pomorza w wypadku klęski w starciu z bolszewikami. Prawdopodobnie ze względu na swoje lewicowe poglądy doradzał Wincentemu Witosowi zdymisjonowanie Piłsudskiego i powołanie rządu sprzyjającego bolszewikom i zdolnego do zawarcia rozejmu. Premier zdecydował się na odsunięcie Roja od dowodzenia. Od września 1920 r. był w rezerwie.
Roja wobec sanacji
W 1922 r. całkowicie wycofał się z działalności publicznej. Przyznano mu status inwalidy. Gen. Roj osiadł w majątku ziemskim w Jadwisinie koło Zegrza na Mazowszu. W maju 1926 r. poparł zwolenników przewrotu, ale z czasem zaczął krytycznie spoglądać na rządy piłsudczykowskie. Związał się z radykalnie lewicowym Stronnictwem Chłopskim. W 1928 r. z listy tej partii został wybrany na posła na Sejm. W grudniu 1929 r. zrzekł się mandatu. Wciąż działał na rzecz zjednoczenia formacji chłopskich oraz bliższej współpracy Centrolewu. W sierpniu 1930 r. wystosował list otwarty na Zjazd Legionistów. Z powodu ostrej krytyki Piłsudskiego został on skonfiskowany. Próbował wystąpić na zjeździe w 1937 r., ale na polecenie ministra spraw wojskowych został osadzony w szpitalu psychiatrycznym. W tym samym roku aktywnie wspierał strajk chłopski. Był zwolennikiem oporu wobec rządu. Opowiadał się za powrotem do kraju Witosa i objęciem przez niego przywództwa obozu antysanacyjnego.
Roja w KL Sachsenhausen
W 1939 r. był już bardzo ciężko chory. Mimo to włączył się w działalność podziemną Polskiego Czerwonego Krzyża. W marcu 1940 r. został aresztowany przez Niemców i osadzony na Pawiaku. W maju przetransportowano go do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen koło Berlina. Został brutalnie zamordowany 27 maja 1940 r. „Gen. Roję wykończono wczoraj na ulicy przed barakiem. Zadusił go młody esesman, przydeptując mu gardło. – Patrzcie! Tak kończy polski generał” – wspominał więzień obozu, zakonnik o. Henryk Maria Malak.
W akcie zgonu wystawionym przez władze obozu zapisano, że przyczyną śmierci była „anemia złośliwa”. Symboliczny grób gen. Roja znajduje się na Powązkach Wojskowych. W maju 2020 r. na terenie byłego niemieckiego obozu koncentracyjnego KL Sachsenhausen odsłonięto pomnik upamiętniający generała.
W czasie swojej kariery wojskowej został odznaczony Krzyżem Srebrnym Orderu Wojskowego Virtuti Militari i czterokrotnie Krzyżem Walecznych. W 1930 r. otrzymał Krzyż Niepodległości (PAP).