Urodził się 20 maja 1927 r. w Krakowie, w rodzinie kupieckiej. Był uczniem m.in. prof. Zenona Klemensiewicza, który wróżył mu karierę uniwersytecką historyka lub literaturoznawcy, jednak po wojnie 18-letni Franciszek wstąpił do Krakowskiego Seminarium Duchownego.
Święcenia kapłańskie przyjął 2 kwietnia 1950 r. od księcia metropolity Adama Sapiehy. Ukończył studia teologiczne na Uniwersytecie Jagiellońskim. Ponieważ odmówił współpracy z SB, na początku lat 50. nie otrzymał paszportu, choć chciał kontynuować studia za granicą.
Przez sześć lat, do 1956 r., był wikarym w parafii pw. Świętych Szymona i Judy Tadeusza w Kozach koło Bielska-Białej. Później wyjechał na studia w szwajcarskim Fryburgu, gdzie w 1961 r. uzyskał doktorat z teologii pastoralnej.
Macharski metropolitą krakowskim
W latach 1970–1978 był rektorem Wyższego Seminarium Duchownego w Krakowie. 30 grudnia 1978 papież Jan Paweł II powołał ks. Macharskiego na metropolitę krakowskiego. 6 stycznia 1979 r. otrzymał on sakrę biskupią. Jego zawołaniem biskupim stały się słowa „Jezu, ufam Tobie”. 30 czerwca 1979 r. papież nadał mu godność kardynalską. Przez wiele lat kard. Macharski był wiceprzewodniczącym Konferencji Episkopatu Polski (1979–1994) oraz przewodniczącym Komisji ds. Nauki Katolickiej i Komisji ds. Apostolstwa Świeckich.
Należał do watykańskich kongregacji: ds. Biskupów, ds. Duchowieństwa, ds. Instytutów Życia Konsekrowanego i Stowarzyszeń Życia Apostolskiego oraz ds. Wychowania Katolickiego.
Szacunek wiernych kardynał zaskarbił sobie w czasie stanu wojennego, kiedy niestrudzenie walczył o prawa internowanych i ich rodzin. W 1981 r. po zamachu na Jana Pawła II poparł organizatorów Białego Marszu, który na znak solidarności z walczącym o życie papieżem przeszedł ulicami Krakowa.
Macharski zaraz po Glempie
Kardynał odegrał w ostatniej dekadzie PRL ważną rolę. „W moim przekonaniu śmiało możemy mówić o metropolicie krakowskim w latach osiemdziesiątych jako drugiej najważniejszej w polskim Kościele osobie, zaraz po prymasie Glempie” – uważa Rafał Łatka w swoim artykule zamieszczonym w publikacji „Biskupi w rzeczywistości politycznej Polski +ludowej+” (wyd. IPN). Wynikało to nie tylko z tego, że metropolita krakowski pełnił kilka ważnych funkcji w ramach Episkopatu Polski, ale jego zdolności i autorytetu, jaki zbudował w polskim Kościele oraz społeczeństwie.
Po 1989 r. kard. Macharski zaangażował się we wspieranie inicjatyw charytatywnych, podejmowanych na rzecz chorych, niepełnosprawnych, bezdomnych, samotnych matek oraz ludzi starszych. Wielokrotnie apelował o pomoc dla ofiar klęsk żywiołowych, m.in. poszkodowanych w polskiej powodzi w 1997 r., dla ofiar wojny w Ruandzie, dotkniętych trzęsieniem ziemi w Turcji i Iranie.
Powołał tygodniki katolickie: krakowską edycję „Gościa Niedzielnego” i „Źródło”, założył diecezjalne Radio Mariackie (potem Radio Plus). W 1998 r. podjął decyzję o rozbudowie Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach.
Był niezwykle szanowany i lubiany przez wiernych m.in. za swoje ciepło i bezpośredniość. Do uczestników mszy dziękczynnej za pontyfikat Jana Pawła II na krakowskich Błoniach przysłał z Rzymu wiadomość: „Jestem z Wami przy Świętym Piotrze. Tu i tam wasz”.
Macharski na konklawe
Był jednym z trzech polskich kardynałów uczestniczących w konklawe, które wybrało następcę Jana Pawła II – Benedykta XVI.
Kard. Macharski został Kawalerem Orderu Uśmiechu, honorowym obywatelem wielu miast, m.in. Chorzowa, Nowego Targu, Wadowic, Mszany Dolnej, Trzebini, Libiąża. Otrzymał doktoraty honoris causa m.in. Uniwersytetu Jagiellońskiego i Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie, Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie, a także Katolickiego Uniwersytetu w Taipei na Tajwanie i Uniwersytetu Adamson w Manili na Filipinach.
W 2000 r. został odznaczony Wielkim Krzyżem Zasługi z Gwiazdą Orderu Zasługi Republiki Federalnej Niemiec, nadanym mu przez prezydenta Niemiec Johannesa Raua za działania na rzecz pojednania polsko-niemieckiego. W 2007 r. otrzymał Order Oficera Legii Honorowej.
W czerwcu 2005 r. przeszedł na emeryturę i zamieszkał w sanktuarium Ecce Homo św. Brata Alberta w Krakowie. W grudniu 2011 po upadku w swym mieszkaniu, z powodu pęknięcia jednej z kości trafił do szpitala i przeszedł kilkutygodniowe leczenie i rehabilitację. Będąc na emeryturze, nadal aktywnie pełnił posługę, uczestniczył w spotkaniach i uroczystościach w Archidiecezji Krakowskiej.
Zmarł 2 sierpnia 2016 w Szpitalu Uniwersyteckim, do którego trafił w czerwcu po tym, jak stracił przytomność. Podczas Światowych Dni Młodzieży ciężko chorego kardynała odwiedził papież Franciszek.
Trumna z ciałem kard. Macharskiego została złożona w krypcie biskupów krakowskich pod konfesją św. Stanisława w Katedrze na Wawelu.(PAP)