Abp Józef Kowalczyk przez ponad dwie dekady miał wpływ na nominacje biskupie w Polsce. Odegrał też znaczącą rolę w wynegocjowaniu Konkordatu i przywróceniu Ordynariatu Polowego WP. Pracując w Watykanie, brał udział w licznych zagranicznych pielgrzymkach Jana Pawła II.