Urodził się 13 stycznia 1870 r. w Trzemesznie k. Gniezna. Pochodził z rodziny o tradycjach patriotycznych. Jego ojciec walczył w oddziale powstańczym Mariana Langiewicza. W latach siedemdziesiątych jego rodzina przeniosła się do Krakowa, a następnie Lwowa.
W gimnazjum należał do tajnego kółka patriotycznego. Studiował na Wydziale Inżynierii Politechniki Lwowskiej, gdzie uzyskał stopień inżyniera. W trakcie studiów zaangażował się w działalność socjalistyczną. Wstąpił do Galicyjskiej Partii Socjaldemokratycznej (późniejszej Polskiej Partii Socjaldemokratycznej Galicji i Śląska Cieszyńskiego). Działał również w Towarzystwie Uniwersytetu Ludowego oraz ruchu spółdzielczym. Publikował w prasie socjalistycznej. W 1896 r. ożenił się z działaczką socjalistyczną Zofią Gostkowską, późniejszą posłanką na Sejm Ustawodawczy.
Moraczewski w Legionach
W 1907 r. Moraczewski został wybrany do parlamentu austriackiego. Kilka lat później poparł ruch strzelecki. W 1914 r. wstąpił jako szeregowiec do I Brygady Legionów. Wkrótce został mianowany porucznikiem. Służył w Komendzie Legionów, został oddelegowany do współpracy z Komitetem Narodowym (NKN). W maju 1917 r. został aresztowany za udział w tajnym zjeździe legionistów planujących działania konspiracyjne. Po zwolnieniu z aresztu jako poseł bronił praw internowanych żołnierzy Legionów. Współtworzył Konwent Organizacji „A”, który zajmował się politycznym koordynowaniem działalności POW. Za swoje wysiłki w trakcie I wojny światowej był odznaczony Krzyżem Orderu Virtuti Militari V kl., dwukrotnie Krzyżem Walecznych oraz Krzyżem Niepodległości.
28 października 1918 r. został członkiem Polskiej Komisji Likwidacyjnej. Kilka dni później został ministrem poczt i komunikacji Tymczasowego Rządu Republiki Polskiej w Lublinie. Po powrocie Piłsudskiego brał udział w konsultacjach dotyczących stworzenia nowego rządu. 18 listopada 1918 r. został powołany na urząd prezydenta ministrów Tymczasowego Rządu Ludowego Republiki Polskiej. Gabinet Moraczewskiego wraz z Tymczasowym Naczelnikiem Państwa przyjął dekrety o ośmiogodzinnym dniu pracy, ubezpieczeniach społecznych, stworzeniu biur pośrednictwa pracy i o ochronie lokatorów. Przygotowana przez rząd ordynacja wyborcza przyznawała czynne i bierne prawa wyborcze kobietom.
Rząd Moraczewskiego
Rząd Moraczewskiego nie był uznawany przez państwa alianckie. Od gabinetu dystansowała się również endecja. W nocy z 4 na 5 stycznia 1919 r. doszło do nieudanej próby zamachu stanu przygotowanego przez powiązanego z prawicą Mariana Januszajtisa. Z powodu zbliżającej się konferencji pokojowej oraz konieczności powołania rządu uznawanego przez zachód Piłsudski zdecydował się na zdymisjonowanie Moraczewskiego.
Moraczewski został posłem Sejmu Ustawodawczego i jednym z wicemarszałków. Działał w Polskiej Partii Socjalistycznej i kolejowych związkach zawodowych. W 1925 r. został ministrem robót publicznych koalicyjnego rządu Aleksandra Skrzyńskiego. Działał na rzecz powrotu Józefa Piłsudskiego do życia politycznego. W czasie zamachu majowego był jednym ze współorganizatorów strajku kolejarzy, który zablokował dotarcie wojsk rządowych do Warszawy.
Był ministrem robót publicznych w kolejnych rządach sanacyjnych. Jego poparcie dla nowych władz sprawiło, że popadł w konflikt z kierownictwem swojej partii i został usunięty z PPS. Wstąpił do nowej rozłamowej PPS – dawnej Frakcji Rewolucyjnej. Po 1930 r. wycofał się z życia politycznego, ale popierał rządy sanacyjne. Współtworzył uzależniony od władz Związek Związków Zawodowych (ZZZ). Po śmierci Piłsudskiego krytykował rządy jego następców, m.in. błędną, jego zdaniem, politykę społeczną. Po wybuchu wojny organizował, wraz z żoną, w Sulejówku Komitet Obywatelski Pomocy Ofiarom Wojny.
Moraczewski w czasie II wojny
W czasie wojny założył spółdzielnię spożywczą. Rozpoczął pracę nad wspomnieniami oraz prowadził dziennik. W październiku 1940 r. sporządził obszerny memoriał polityczny przeznaczony dla gen. Kazimierza Sosnkowskiego, którego uważał za jedynego kandydata na naczelnego wodza. Bardzo krytycznie oceniał politykę Władysława Sikorskiego. W grudniu 1940 r. został usunięty przez Niemców z dworku „Siedziba” i przeniósł się do oficyny sąsiedniego dworku Piłsudskiego.
Jego syn Adam działał w Związku Walki Zbrojnej. Zajmował się kontaktami z polskimi placówkami na Węgrzech. W trakcie trzeciej wyprawy na Węgry został aresztowany, poddany śledztwu i wysłany z jedną z pierwszych grup więźniów do obozu w Oświęcimiu, gdzie zmarł z wycieńczenia 31 października 1941 r. Córka Moraczewskiego Wanda została aresztowana i zmarła w KL Auschwitz w 1942 r. Małżeństwo Moraczewskich straciło wszystkie swoje dzieci. Najmłodszy syn Tadeusz zmarł w dzieciństwie, drugi, Kazimierz, zginął w czasie wojny z bolszewikami.
Jędrzej Moraczewski zginął 5 sierpnia 1944 r. ugodzony odłamkiem pocisku w czasie niemiecko-sowieckich walk o Sulejówek. Został pochowany obok domu. Dzięki staraniom żony zwłoki jego ekshumowano i złożono w 1948 r. w grobowcu rodzinnym na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach.
