Były schronieniem cywilów, miejscem walk i celem niemieckich bomb. Z 64 kościołów ocalało tylko dziewięć
Losy Warszawy w powstaniu 1944 r. dzieliły jej świątynie. Na 64 istniejące wówczas kościoły w stolicy ocalało tylko dziewięć. Tak wynika z zestawienia, jakie rok po zakończeniu wojny, w 1946 roku, sporządził architekt Stanisław Marzyński. Pisał: "z pięćdziesięciu pięciu na lewym brzegu Wisły pozostało całych pięć, na prawym z dziewięciu – cztery" kościoły. Reszta uległa całkowitemu albo częściowemu zniszczeniu. – Najbardziej ucierpiały kościoły na Starym Mieście, którego zabudowa została zniszczone w 90 proc. – mówi Katarzyna Utracka z pracowni historycznej Muzeum Powstania Warszawskiego.
Totalnie zniszczony został barokowy kościół Sakramentek pod wezwaniem św. Kazimierza na Nowym Mieście. Po wybuchu powstania siostry otworzyły klauzurę dla cywilów, którzy ukryli się w piwnicach, i przyjęły pod dach powstańczy szpital. 31 sierpnia 1944 r. Niemcy zbombardowali świątynię i klasztor. Pod gruzami zginęło około 1000 cywilów, 36 mniszek i czterech księży.