Urodził się 18 listopada 1959 r. w Zagórzu, niedaleko Sanoka.
W 1977 r. ukończył Zasadniczą Szkołę Zawodową dla Pracujących Sanockiej Fabryki Autobusów Autosan. Następnie wyjechał na Wybrzeże. W latach 1977–1980 był pracownikiem Stoczni Gdańskiej im. Lenina.
Kołodziej w ROPCiO
W latach 1978–1980 był zaangażowany w działalność w Ruchu Obrony Praw Człowieka i Obywatela (ROPCiO) oraz Wolnych Związków Zawodowych Wybrzeża. Drukował również pismo „Robotnik Wybrzeża” oraz kolportował niezależną prasę na terenie Stoczni Gdańskiej. W 1979 r. znalazł się wśród sygnatariuszy Karty Praw Robotniczych.
Kołodziej i Sierpień '80
W lutym 1980 został zwolniony z pracy w Stoczni Gdańskiej. Od 14 sierpnia 1980 r. był zatrudniony w Stoczni im. Komuny Paryskiej w Gdyni – tam 15 sierpnia zorganizował strajk. Został przewodniczącym Komitetu Strajkowego, a także wiceprzewodniczącym – obok Bogdana Lisa – Międzyzakładowego Komitetu Strajkowego. Kołodziej znalazł się także wśród sygnatariuszy Porozumień Sierpniowych.
„Żyliśmy wtedy w systemie totalitarnym – nie tylko w państwie, lecz właśnie w systemie, bo to dotyczyło całego obozu komunistycznego. To nasze ówczesne działanie – sierpniowy strajk, wymuszenie na władzy porozumienia i akceptacji dążeń społecznych – po raz pierwszy od dziesiątków lat pokazało, że można złamać totalitarny system komunistyczny. Dokonaliśmy wyłomu. Jak się potem okazało, wystarczyło kilka lat i ten system praktycznie przestał istnieć, a wiele narodów, dzięki +Solidarności+, odzyskało swoją niepodległość” – mówił Andrzej Kołodziej w rozmowie z PAP w 2018 r.
Od września 1980 r. Kołodziej był członkiem „Solidarności” oraz wiceprzewodniczącym Międzyzakładowego Komitetu Założycielskiego NSZZ „Solidarność” w Gdańsku. W lipcu 1981 r. oskarżył Lecha Wałęsę o kontakty ze Służbą Bezpieczeństwa oraz odszedł z kierownictwa „Solidarności”.
Aresztowanie Kołodzieja
Był organizatorem przerzutu wydawnictw niezależnych do Czechosłowacji. Został aresztowany w październiku 1981 r. przez czechosłowackie służby. Skazano go na rok i dziewięć miesięcy więzienia, został osadzony w Pradze i Litomierzycach. W lipcu 1983 r. został przekazany polskiej stronie, a 20 lipca zwolniony.
Związał się ze środowiskiem Andrzej Gwiazdy, z którym wydawał pismo „Poza układem”. W 1984 r. był współzałożycielem „Solidarności Walczącej” (Oddział Trójmiasto) oraz członkiem jej Komitetu Wykonawczego.
Wyjazd Kołodzieja do Włoch
Po aresztowaniu Kornela Morawieckiego w 1987 r. Kołodziej pełnił funkcję przewodniczącego „Solidarności Walczącej”. Sam też został aresztowany w styczniu 1988 r. oraz oskarżony o działalność terrorystyczną. W wyniku mediacji Episkopatu Polski w kwietniu, wraz z Kornelem Morawieckim, otrzymał zgodę na wyjazd do Włoch z zakazem powrotu do kraju. Jako oficjalny powód wyjazdu podano chorobę i konieczność leczenia za granicą.
Powrót Kołodzieja do Polski
Z Rzymu przedostał się do Paryża. U Jerzego Giedroycia opublikował tekst „Współrządzić czy konspirować”, gdzie występował przeciwko porozumieniu opozycji z władzą. Do Polski wrócił w 1990 r.
W 2010 r. kandydował na radnego Gdyni z Komitetu Wyborczego „Samorządność” prezydenta miasta Wojciecha Szczurka.
Od 2010 r. pełni funkcję prezesa Fundacji Pomorska Inicjatywa Historyczna. Jej nakładem wydał m.in. monografię „Wolne Związki Zawodowe Wybrzeża”, a także z Danutą Sadowską i Romanem Zwiercianem pięć tomów „Ludzie Sierpnia 80 w Gdyni” oraz z Romanem Zwiercianem „+Solidarność Walcząca+ oddział Trójmiasto”.
W czerwcu 2016 r. był kandydatem Platformy Obywatelskiej na członka Kolegium Instytutu Pamięci Narodowej z ramienia Senatu RP. Jego kandydatura jednak nie uzyskała wymaganego poparcia senatorów.
W 2016 r. został członkiem partii Wolni i Solidarni Kornela Morawieckiego. Od 2017 r. jest członkiem Kolegium Programowego Europejskiego Centrum Solidarności. Znalazł się również w Radzie powołanego w 2019 r. Instytutu Dziedzictwa Solidarności.
Andrzej Kołodziej jest honorowym obywatelem Gdańska, Zagórza oraz Gdyni. Został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski (1998), Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski (2006), Krzyżem Solidarności Walczącej (2010) oraz Krzyżem Wolności i Solidarności (2016). Został również uhonorowany tytułem Zasłużony Działacz Kultury (2001).
W 2018 r. na podstawie jego biografii powstał film dokumentalny „Andrzej Kołodziej. Bardzo polska opowieść” w reżyserii Marii Dłużewskiej.(PAP)