Urodził się 26 listopada 1880 r. w Warszawie w rodzinie Ignacego i Ludwiki Anastazji z domu Obrąpalskiej.
Już na początku lat nauki gimnazjalnej związał się z nielegalnymi kółkami samokształceniowymi. Dzięki jego zaangażowaniu niewielka grupa uczniów zgromadziła liczącą 400 tomów bibliotekę naukową. W 1899 r. trafił na Uniwersytet Warszawski. Za radą rodziców i wzorem wielu ówczesnych historyków zdecydował się na studia prawnicze dające wówczas najlepsze przygotowanie do badania źródeł. Poza przygotowywaniem pracy o dziejach „liberum veto” zaangażował się w działalność tajnych organizacji studenckich, takich jak Bratnia Pomoc. Nie został jednak członkiem Związku Młodzieży Polskiej, ponieważ uważał, że ograniczałoby to jego niezależność. Mimo to już od początku XX wieku ideowo utożsamiał się z kształtującym się obozem narodowej demokracji Romana Dmowskiego.
Konopczyński jako historyk
Przez rok służył w rosyjskiej armii, ale uniknął udziału w wojnie z Japonią, symulując chorobę serca. Po wezwaniu do jednostki pozostał w Krakowie, z którym związał się na większą część reszty swojego życia. Po 1905 r. pracował nad dziejami wojny siedmioletniej, m.in. odwiedzając archiwa w Dreźnie i Wiedniu. W 1906 r. na krótko powrócił do Warszawy. Jego temperamentowi nie odpowiadała praca nauczyciela gimnazjalnego i po roku wyjechał do Lwowa, jednak i tam nie potrafił znaleźć porozumienia z tamtejszymi historykami, głównie Szymonem Askenazym. Udało mu się jednak obronić doktorat, dzięki któremu mógł powrócić do Krakowa i wykładać na Uniwersytecie Jagiellońskim. W 1911 r. ożenił się z Jadwigą Lutostańską. Większą część miesiąca miodowego spędzili w paryskich archiwach, w których analizowali i przepisywali nieznane dotąd źródła do dziejów Polski XVIII w.
Jako zwolennik narodowej demokracji przywiązywał szczególną uwagę do stosunków z Prusami. Wcześniejsze sympatie polityczne zaowocowały po 1917 r. zaangażowaniem w sprawę niepodległości Polski. Podobnie jak wielu innych polskich uczonych wstąpił do tajnej Ligi Narodowej. W 1918 r. wstąpił do Stronnictwa Demokratyczno-Narodowego. W maju 1918 r. brał udział w zjeździe słowiańskim w Pradze. W dramatycznych momentach listopada 1918 r. zabiegał w Belgradzie o aliancką interwencję w atakowanym przez Ukraińców Lwowie.
Od końca 1918 r. był ekspertem w przygotowującym polskie stanowisko na konferencję w Wersalu Biurze Prac Kongresowych. Przygotowywał opracowania historycznie uzasadniające polskie stanowisko dotyczące granic. Jego wspomnienia z tego okresu prezentują dyskusje toczące się wśród polskich polityków.
Działalność polityczna Konopczyńskiego
W lipcu 1920 r. wstąpił do wojska i do jesieni pełnił funkcje instruktora artylerii. W 1922 r. został wybrany do Sejmu I kadencji z listy Związku Ludowo-Narodowego. Działał na rzecz szkolnictwa akademickiego, szkolnictwa i praw autorskich. Proponował przyznanie dodatkowych głosów wyborczych osobom potrafiącym czytać oraz posiadającym średnie i wyższe wykształcenie. W 1926 r. krytykował przewrót majowy.
Za największe dzieło Konopczyńskiego w okresie międzywojennym uchodzi monografia „Konfederacja barska”. Innym, znacznie bardziej przystępnym i popularnym dziełem historyka są wydane w połowie lat trzydziestych „Dzieje Polski nowożytnej”. Mimo wielkiego rozwoju badań historycznych wciąż książka ta uważana jest za jedną z najlepszych syntez polskiej nowożytności. Niektórzy z historyków wciąż zalecają jej lekturę w przygotowaniach do egzaminów z dziejów nowożytności.
Konopczyński i „Polski Słownik Biograficzny”
Nie do przecenienia jest wpływ Konopczyńskiego na powstanie „Polskiego Słownika Biograficznego” postrzeganego jako największe dzieło polskiej historiografii i tworzone przez kolejne pokolenia polskich historyków. Konopczyński myślał o słowniku już przed I wojną światową. W 1930 r. w Polskiej Akademii Umiejętności powołano pod jego kierownictwem komitet redakcyjny PSB. Konopczyński planował wydanie 20 tomów słownika z 20 tys. życiorysów. Ze współpracownikami opracował zasady kwalifikacji postaci do słownika, sam stworzył dziesiątki życiorysów. Ambitne plany wydawnicze pokrzyżowała wojna.
6 listopada 1939 r. został aresztowany w ramach Sondereaktion Krakau. Wraz z innymi krakowskimi naukowcami został uwięziony we Wrocławiu, a następnie w obozie koncentracyjnym w Sachsenhausen. Na skutek wielu międzynarodowych nacisków został zwolniony wiosną 1940 r. Po powrocie do Krakowa zaangażował się w tajne nauczanie akademickie. W tym czasie poświęcał czas syntezie „Piłsudski a Polska”. Do dziś dzieło Konopczyńskiego nie zostało opublikowane.
Powojenne losy Konopczyńskiego
Po przejęciu władzy przez komunistów był początkowo tolerowany na Uniwersytecie Jagiellońskim, w Polskim Towarzystwie Historycznym i w Polskiej Akademii Umiejętności. Już w 1946 r. komuniści i związani z nimi ideologiczni przeciwnicy Konopczyńskiego rozpoczęli na niego nagonkę mającą wyeliminować go z życia naukowego. Odpierał te ataki podczas swoich ostatnich publicznych wystąpień na UJ. W 1948 r. został przeniesiony na emeryturę.
W 1949 r. komuniści zablokowali wydanie kolejnego zeszytu PSB, a Konopczyński i pozostali odeszli z redakcji. Propaganda komunistyczna nazywała „Słownik” organem prasowym endecji. Ostatnimi miejscami, w którym publikował pod pseudonimem, były łamy „Tygodnika Powszechnego” i „Przeglądu Powszechnego”.
Zmarł w nocy z 12 na 13 lipca 1952 r.(PAP)
