Urodził się 16 kwietnia 1895 r. w Lisewie Małym. Studiował w Wyższym Seminarium Duchownym w Płocku. 20 sierpnia 1922 r. przyjął święcenia kapłańskie.
W latach 1922–1927 studiował nauki społeczne i polityczne na uniwersytecie w Lille we Francji. Studia ukończył doktoratem. Rozwinął również działalność duszpasterską wśród Polaków, którzy przybyli do Francji w poszukiwaniu „pracy i chleba”. Do Polski wrócił w 1928 r. Otrzymał nominację na sekretarza Stowarzyszenia Młodzieży Katolickiej, a w 1932 r. został dyrektorem Diecezjalnego Instytutu Akcji Katolickiej. W maju 1938 r. został mianowany biskupem kieleckim; diecezję objął kanonicznie 3 września.
Kaczmarek podczas II wojny
Podczas okupacji niemieckiej bp Kaczmarek należał, obok biskupów Jana Kantego Lorka i Teodora Kubiny, do tych członków episkopatu, którzy, jak oceniał raport Delegata RP na Kraj, kierując się dobrą wolą, ratowali stan Kościoła. W 1940 r. biskupi Kaczmarek, Kubina i Lorek wysłali list do Hansa Franka, generalnego gubernatora, prosząc o zmniejszenie represji oraz ograniczeń dotyczących Kościoła i religii.
Gdy Hitler w czerwcu 1941 r. zaatakował ZSRS, Kaczmarek włączył się w działalność podziemną, konspiracyjną. Wstąpił w szeregi Chrześcijańskiej Unii Oporu. Na terenie swojej diecezji udzielił szerokiego poparcia podziemiu. W czasie wojny bp Kaczmarek przyjął w diecezji ponad 240 księży diecezjalnych i zakonnych, którym groziła zagłada na terenach północnej i zachodniej Polski włączonych do III Rzeszy. Podjął również działalność oświatową. Był też zaangażowany w ratowanie Żydów.
4 lipca 1946 r. w Kielcach doszło do pogromu ludności żydowskiej. W czasie zajść bp. Kaczmarka nie było w mieście – przebywał wówczas na kuracji kardiologicznej w Polanicy Zdroju. Po powrocie powołał komisję do zbadania okoliczności pogromu. Sporządził raport, w którym wskazał na rządzących jako tych, którym mogło zależeć na wywołaniu tumultu. W opinii Kaczmarka pogrom nie miał podłoża etnicznego czy antysemickiego, ale polityczne. Raport został przekazany ambasadorowi USA w Polsce – Arthurowi Blissowi Lane’owi.
Kaczmarek w katowni bezpieki
20 stycznia 1951 r. funkcjonariusze Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego aresztowali bp. Kaczmarka. Duchownemu zarzucono m.in. szpiegostwo na rzecz Stanów Zjednoczonych i Watykanu, kolaborację z hitlerowskim okupantem i działalność zmierzającą do obalenia władz Polski Ludowej. Kolejnym „grzechem” biskupa był sprzeciw wobec podpisania przez prymasa Stefana Wyszyńskiego porozumienia z rządem 14 kwietnia 1950 r.
Bp Kaczmarek trafił do więzienia na warszawskim Mokotowie, do katowni MBP. Przez dwa lata i osiem miesięcy poprzedzających proces był torturowany. Przesłuchujący wmawiali mu również, że został potępiony przez episkopat, a duchowni z jego diecezji odwrócili się od niego.
Pokazowy proces Kaczmarka
Pokazowy proces rozpoczął się 14 września 1953 r. przed sądem wojskowym w Warszawie. Kaczmarek był już wrakiem człowieka. Przyznał się do zarzucanych mu czynów. Skazano go na dwanaście lat więzienia.
25 września 1953 r. został aresztowany prymas Stefan Wyszyński. Trzy dni później, 28 września, w specjalnym komunikacie biskupi pod naciskiem władz potępili „przestępcze działania” bp. Czesława Kaczmarka.
Bp Kaczmarek został zwolniony z dalszego odbywania kary 10 lutego 1955 r. Bezpośrednim powodem był zły stan zdrowia. Przez rok nie mógł jednak powrócić do swojej diecezji. 28 grudnia 1956 r. Najwyższy Sad Wojskowy oczyścił bp. Kaczmarka z zarzutów szpiegostwa i współpracy z hitlerowcami.
Kiedy bp Kaczmarek dowiedział się o prześladowaniach katolików w komunistycznych Chinach, w czasie kazania w katedrze kieleckiej 10 lutego 1959 r. stanął w ich obronie oraz wezwał do modlitwy za tamtejszy Kościół. To wystąpienie stało się głównym powodem, dla którego władze przestały uznawać go od 5 czerwca 1959 r. jako ordynariusza kieleckiego. Komuniści zażądali od Kościoła usunięcia bp. Kaczmarka z urzędu. Episkopat jednak odmówił, argumentując, że zmiana ordynariusza nie leży w jego kompetencjach. Zdecydowanie negatywne stanowisko w tej sprawie wyraziła także Stolica Apostolska.
Stan zdrowia bp. Kaczmarka cały czas się pogarszał. Zmarł 26 sierpnia 1963 r. W 1990 r. został pośmiertnie zrehabilitowany, a siedemnaście lat później odznaczony Krzyżem Wielkim Odrodzenia Polski.(PAP)