Urodził się 18 grudnia 1936 r. w Starogardzie Gdańskim. Pochodził z wielodzietnej rodziny kupieckiej (miał siedmioro rodzeństwa). Studiował w Seminarium Duchownym w Pelplinie, święcenia kapłańskie przyjął w 1964 r. z rąk bp. Edmunda Nowickiego.
Proboszczem gdańskiej parafii św. Brygidy został w marcu 1976 r.
Jankowski – kapelan Solidarności
Był pierwszym kapłanem, który w sierpniu 1980 r. odprawił mszę św. dla strajkujących robotników w Stoczni Gdańskiej. Od tego czasu nazywany był „kapelanem Solidarności”.
„Było to wielkie przeżycie. Przyjechałem do stoczni na dziewiątą i zobaczyłem około ośmiu tysięcy osób stojących przed bramą, nie licząc strajkujących stoczniowców” – wspominał ks. Jankowski o mszy odprawionej wtedy w Stoczni w wywiadzie udzielonym PAP kilka lat temu. Za kaplicę posłużył mu jego samochód z napisem „Duszpasterstwo Strajkujących”. „Miałem tabernakulum w samochodzie” – mówił.
Wracając pamięcią do tamtych czasów, b. prezydent Lech Wałęsa podkreślał, że prałat miał szczęście pojawiać się wtedy, gdy był potrzebny. „On się pojawił wtedy w odpowiednim momencie jako taki znak, obraz, że +nie bójcie się+. On tego nie mówił, ale tak to wyglądało, i podtrzymał ducha walki” – dodał Wałęsa.
Zanim został proboszczem, ks. Jankowski przez sześć lat był tam wikariuszem. W tym czasie kościół św. Brygidy nosił bardzo liczne ślady zniszczeń jeszcze z 1945 r. To właśnie prałat Jankowski odbudował świątynię.
W latach osiemdziesiątych XX w. był patronem i gospodarzem wielu spotkań opozycjonistów. „Otrzymałem od niego wiele pomocy i podczas stanu wojennego, kiedy straciłem pracę, i wtedy, gdy ożeniłem się – dawał mi ślub, chrzcił moje dzieci i był ojcem chrzestnym mojego najmłodszego syna Marcina” – powiedział PAP dawny opozycjonista i działacz związkowy Jerzy Borowczak.
Podobnie wspominał ks. Jankowskiego Wałęsa. „Wspierał, przyjeżdżał, podtrzymywał na duchu, więc robił to wszystko, co porządny przyjaciel robić powinien w takich właśnie sytuacjach” – mówił b. prezydent, dodając, że ks. Jankowski był prawdziwym przyjacielem jego rodziny.
Były metropolita gdański, abp Tadeusz Gocłowski, który znał ks. Jankowskiego przez pięćdziesiąt lat, wspomniał, że „już w latach siedemdziesiątych, kiedy przyszły bardzo trudne czasy dla Polski, po dramacie w stoczni w Gdańsku, kiedy komuna strzelała do ludzi na ulicy, ks. Jankowski wyraźnie stanął po stronie robotników”.
Abp Gocłowski – jak wspominał – zapamięta zmarłego kapłana przede wszystkim z lat osiemdziesiątych jako człowieka troszczącego się o rodziny osób represjonowanych podczas stanu wojennego. „Mimo istnienia wielu instytucji pomagających tym ludziom dominowała jednak instytucja ks. Henryka” – podkreślił.
Jankowski po 1989 r.
Po 1989 r. ks. Jankowski zaczął być postrzegany jako postać kontrowersyjna. Kazania wygłaszane przez niego, a zwłaszcza dekoracje Grobu Pańskiego z okazji Świąt Wielkanocnych, zawierały elementy antysemickie.
Oburzenie wzbudził Grób Pański w 1995 r. – na czerwonym płótnie umieszczone zostały swastyki, sierp i młot, Gwiazda Dawida oraz napisy: „NSDAP”, „SS”, „NKWD”, „KGB”, „UB” i „SB”. Obok znajdowały się skróty nazw partii: „PSL”, „SLD”, „UW”, „UP”, a także „PZPR”. Prałat usunął te napisy na polecenie metropolity gdańskiego abp. Gocłowskiego.
W 2001 r. Grób Pański autorstwa ks. Jankowskiego przedstawiał miniaturę zwęglonej stodoły w Jedwabnem z ludzkim szkieletem. Abp Gocłowski nakazał wówczas prałatowi usunięcie z dekoracji napisu: „Żydzi zabili Pana Jezusa i Proroków, i nas także prześladowali”. W 2004 r. Grób Pański w kościele św. Brygidy był skierowany przeciw Unii Europejskiej.
W 1997 r. metropolita gdański abp Gocłowski zakazał prałatowi głoszenia kazań przez rok za wypowiedziane podczas homilii słowa, że „nie można tolerować mniejszości żydowskiej w polskim rządzie”. „Z ambony nie wolno robić trybuny politycznej, zmusił mnie do odsunięcia go od głoszenia kazań” – powiedział PAP Gocłowski.
We wrześniu 2009 r. ks. Jankowski przeszedł na emeryturę kapłańską. 31 sierpnia 2009 r. podczas uroczystej mszy z okazji 29. rocznicy podpisania Porozumień Sierpniowych ogłosił decyzję o przejściu na emeryturę i zrzeczeniu się probostwa z ostatnim dniem września.
W marcu 2007 r. oficjalnie zainaugurował działalność Instytut ks. prałata Henryka Jankowskiego. Swoją siedzibę miał w Warszawie. Zadaniem Instytutu miało być m.in. dokumentowanie roli Kościoła katolickiego w historii PRL. Instytut wydał na ten temat kilka książek.
Pod koniec kwietnia 2008 r. prałat Jankowski zawiesił prezesa Instytutu Mariusza Olchowika za to, że ten groził śmiercią byłemu współpracownikowi placówki. W czerwcu 2008 r. prałat ogłosił, że zdecydował o zamknięciu Instytutu swojego imienia.
W 2008 r. brał udział w protestach przeciwko likwidacji Stoczni Gdańskiej.
Ks. Jankowski był patronem pierwszej w Gdańsku szkoły społecznej. „Cały czas pomagał setkom czy tysiącom ludzi; nie pamiętam, żeby komuś odmówił” – powiedział były przewodniczący „Solidarności” Marian Krzaklewski.
Według Krzaklewskiego ks. Jankowski był człowiekiem prostolinijnym i łatwowiernym, i z tego wynikały jego problemy czy nieporozumienia. „I to przez te cechy charakteru prałata próbowano wykorzystać jego wizerunek” – zaznaczył.
W 1984 r. prezydent RP Edward Raczyński odznaczył ks. Henryka Jankowskiego Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.
Ks. Jankowski od wielu lat chorował na cukrzycę. Zmarł 12 lipca 2010 r. w domu parafialnym św. Brygidy w Gdańsku. Został pochowany w kościele św. Brygidy.
Jankowski a SB
Część historyków uważa, że ks. Jankowski był kontaktem operacyjnym SB o kryptonimie „Delegat” lub „Libella”. Zdaniem dr. Grzegorza Majchrzaka archiwalia dotyczące jego współpracy zostały zniszczone w styczniu 1990 r. wraz z wieloma innymi dokumentami dotyczącymi duchownych. W 2009 r. dr Majchrzak opublikował kilkanaście meldunków operacyjnych, szyfrogramów, notatek Wydziału IV Komendy Wojewódzkiej MO z okresu między grudniem 1980 a majem 1982 r., wskazujących na kontakty ks. Jankowskiego z SB.
W opinii prof. Sławomira Cenckiewicza SB wykorzystywała kapłana do podsycania konfliktów pomiędzy radykalnym a umiarkowanym skrzydłem „Solidarności”, m.in. między Anną Walentynowicz, Andrzejem Gwiazdą i Lechem Wałęsą. Prof. Cenckiewicz sądzi też, że homilie wygłaszane przez ks. Jankowskiego w trakcie mszy w Stoczni Gdańskiej w czasie strajku w sierpniu 1980 r. miały na celu tonowanie nastrojów strajkujących. W dokumentach bezpieki zachowała się wzmianka o „przygotowaniu księdza do wygłoszenia neutralnego kazania”.
Również część ówczesnych opozycjonistów, m.in. Bogdan Borusewicz, uważa, że ks. Jankowski współpracował z SB. W lutym 2019 r. do tych zarzutów odniósł się przewodniczący „S” Lech Wałęsa: „To trudna sprawa. Moja pozycja w +Solidarności+ bez udziału fizycznego i zaangażowania ks. Jankowskiego też byłaby inna. Nikt za życia księdza nie poinformował mnie i nie zgłosił podobnych uwag. Był moim przyjacielem i tak pozostanie. Tylko Pan Bóg może to wyjaśnić i osądzić”. (PAP)