Urodził się 3 września 1932 r. w Warszawie. Ukończył studia historyczne na Uniwersytecie Warszawskim pod kierunkiem prof. Emila Kipy w 1956, a w 1961 r. doktoryzował się. Uzyskał habilitację w 1967 r. na podstawie rozprawy „Studia nad prasą i opinią publiczną w Królestwie Polskim 1815–1830”.
Od 1969 do 1982 r. był związany z Instytutem Badań Literackich PAN.
W jego bogatym, liczącym 34 książki i ponad 350 artykułów dorobku dominują pozycje podejmujące tematykę schyłku I Rzeczypospolitej, powstań narodowych podczas rozbiorów oraz agresji sowieckiej na Polskę w 1939 r. i jej skutków.
Prace Jerzego Łojka
W 1966 r. wydał książkę „Szanse powstania listopadowego”, w której przeanalizował argumenty za powodzeniem i przeciw zrywu niepodległościowego z 1830 r.
Znaną i popularną książką Łojka były „Dzieje pięknej Bitynki. Historia życia Zofii Potockiej 1760–1822”, początkowo odrzucone przez siedem wydawnictw, a po ukazaniu się w 1970 r. nakładem PAX-u ośmiokrotnie wznawiane w wielu tysiącach egzemplarzy.
Jerzy Łojek zajmował się również badaniem Konstytucji 3 maja, której poświęcił książki: „Geneza i obalenie Konstytucji 3 maja” wydaną w 1986 r. oraz „Ku naprawie Rzeczypospolitej. Konstytucja 3 maja” z 1988 r.
Pseudonim Leopold Jeżewski
Najważniejsze z punktu widzenia polskiej świadomości historycznej prace Łojek wydał pod pseudonimem Leopold Jerzewski. Były to „Agresja 17 września 1939. Studium aspektów politycznych” (1979), „Dzieje sprawy Katynia” (1980) oraz „Kalendarz historyczny” (1986). Zostały one opublikowane przez podziemne wydawnictwa i krążyły po Polsce przekazywane przez konspiracyjnych kurierów.
W 1974 r. Łojek został laureatem Nagrody Fundacji Jurzykowskiego.
W czasach PRL-u przyłączał się do inicjatyw zmierzających do odzyskania przez Polskę pełnej suwerenności. Był członkiem rady naukowej Ośrodka Badań Społecznych „Solidarności” Regionu Mazowsze, gdzie kierował Pracownią Historii Najnowszej. We wrześniu 1981 r. podpisał deklarację założycielską Klubów Służby Niepodległości. W momencie wprowadzenia stanu wojennego Łojek został na krótko aresztowany, a w 1982 r. zmuszono go do przejścia na wcześniejszą emeryturę. Zresztą nie otrzymał tytułu profesora, ponieważ w ten sposób władze PRL chciały go ukarać za dochodzenie prawdy o zbrodni katyńskiej.
Jerzy Łojek w walce o pamięć Katynia
Jako syn oficera zamordowanego przez Sowietów w Katyniu Jerzy Łojek działał w Komitecie Budowy Pomnika Ofiar Katynia, który w 1981 r. postawił pomnik katyński w tzw. Dolince Katyńskiej na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach. Kwestia walki o prawdę historyczną na temat zbrodni katyńskiej była dla niego tak ważną sprawą, że w testamencie zobowiązał rodzinę do kontynuowania walki o jej wyjaśnienie.
Zmarł w Warszawie 7 października 1986 r. w wieku 54 lat. Jest pochowany na Cmentarzu Powązkowskim.
W 1989 r. z inicjatywy Bożeny Mamontowicz-Łojek, wdowy po historyku, ustanowiono Nagrodę im. Jerzego Łojka przyznawaną „dla autorów prac o tematyce niepodległościowej i historycznej z zakresu wypełniania białych plam w historii”.
W 2006 r. Jerzy Łojek został pośmiertnie odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski za wybitne zasługi dla niepodległości Rzeczypospolitej Polskiej, za działalność na rzecz przemian demokratycznych w kraju, za upowszechnianie wiedzy o dziejach narodu polskiego.
Jego ostatnią wolę związaną z prawdą o zbrodni katyńskiej wypełniła Bożena Mamontowicz-Łojek, która była współzałożycielką i przewodniczącą Zarządu Polskiej Fundacji Katyńskiej, walczącej o pełne wyjaśnienie okoliczności i napiętnowanie winnych zbrodni katyńskiej. Wdowa po Jerzym Łojku zginęła w katastrofie prezydenckiego samolotu pod Smoleńskiem 10 kwietnia 2010 r. (PAP)