Urodził się 2 stycznia 1874 r. w Wilnie. Pochodził ze skromnej rodziny maszynisty kolejowego. Ukończył jedno z wileńskich gimnazjów. Mimo trudnej sytuacji materialnej rozpoczął studia matematyczno-fizyczne na Uniwersytecie Moskiewskim. W czasie studiów po raz pierwszy zetknął się z Józefem Piłsudskim, ale do ich bliższych kontaktów doszło dopiero kilka lat później.
Prystor – PPS, ZWC
Pod koniec studiów stopniowo angażował się w konspiracyjną działalność Polskiej Partii Socjalistycznej. Brak środków zmusił go do przeniesienia się na studia medyczne w Dorpacie, a następnie ich przerwania. Uzyskał jedynie dyplom I stopnia. W 1903 r. wyjechał do Szwajcarii. Wziął udział w jednym z pierwszych szkoleń bojowych PPS. W okresie konfliktów wśród działaczy Polskiej Partii Socjalistycznej stanął po stronie Piłsudskiego i jego zwolenników. Przystąpił do PPS – Frakcji Rewolucyjnej. Organizował struktury nowego ugrupowania i szkolenia bojowców. Był jednym z najważniejszych uczestników słynnej akcji pod Bezdanami w 1908 r., która kończyła działalność socjalistyczną Piłsudskiego w zaborze rosyjskim.
W 1908 r. Piłsudski powierzył Prystorowi zadanie tworzenia zalążków Związku Walki Czynnej w Królestwie Polskim i na ziemiach zabranych. W marcu 1912 r., wraz z żoną Janiną z. d. Bakun, został aresztowany przez warszawską ochranę. Spędził dwa lata w X Pawilonie Cytadeli Warszawskiej. W lutym 1914 r. został skazany na siedmioletnią ciężką katorgę. Został uwolniony dopiero po upadku caratu w marcu 1917 r. Działał w Centralnym Komitecie Wykonawczym PPS w Rosji i Komisji Likwidacyjnej ds. Królestwa Polskiego przy Rządzie Tymczasowym.
Prystor w II RP
W maju 1918 r. powrócił do Warszawy i włączył się w działalność Polskiej Organizacji Wojskowej. Opiekował się żoną i córkami Piłsudskiego. Był w niewielkiej grupie witającej komendanta na Dworcu Wiedeńskim w Warszawie. W ciągu kolejnych lat Prystor nie obejmował wysokich funkcji państwowych. Piłsudski angażował go do zabiegania o realizację kluczowych koncepcji politycznych, m.in. sojuszu polsko-ukraińskiego czy funkcjonowania Litwy Środkowej. W 1920 r. dowodził kompanią w 201 Pułku Piechoty Dywizji Ochotniczej. Od 1923 r. był odpowiedzialny za politykę personalną w WP. Po zamachu majowym był jednym z najbliższych współpracowników Piłsudskiego. Po awansie do stopnia podpułkownika został szefem gabinetu Generalnego Inspektora Sił Zbrojnych.
W kwietniu 1929 r. objął funkcję ministra pracy i polityki społecznej w rządzie Kazimierza Świtalskiego. W czasie jego urzędowania doszło do konfliktu wokół samorządności kas chorych. Tłem politycznym tych wydarzeń był spór pomiędzy obozem piłsudczykowskim a PPS, która dominowała w zarządach kas. Ostatecznie Prystor przejął kontrolę nad kasami poprzez nominowanie nadzorujących je komisarzy. Misję na stanowisku ministra pracy i polityki społecznej kontynuował w piątym rządzie Kazimierza Bartla. Premier wykorzystał zgłoszone przeciwko Prystorowi wotum zaufania do podania rządu do dymisji. W kolejnym gabinecie, Walerego Sławka, nominowanym w grudniu 1930 r., został ministrem przemysłu i handlu.
Premier Prystor
27 maja 1931 r. objął urząd premiera. Był jednym z polityków najdłużej sprawujących tę funkcję. Działalność jego rady ministrów skupiała się na zwalczaniu skutków kryzysu oraz dążeniu do przywrócenia równowagi budżetowej. Premier stopniowo popadał jednak w konflikt z marszałkiem i tracił jego zaufanie. Piłsudski rzadko kontaktował się z premierem, znacznie częściej z ministrem spraw zagranicznych Józefem Beckiem. Marszałek sam decydował o nominacjach ministerialnych i informował o nich Prystora przez swoich adiutantów. Zachowanie Piłsudskiego było spowodowane prawdopodobnie pogarszającym się stanem zdrowia oraz konfliktem między żonami obu polityków. 9 maja 1933 r., wykorzystując wybór Ignacego Mościckiego na kolejną kadencję prezydencką, Prystor podał się do dymisji.
W 1934 r. w Kownie potajemnie negocjował z władzami Litwy. Po śmierci Piłsudskiego znalazł się w opozycji do prezydenta Mościckiego. Wspierał Walerego Sławka. W wyborach parlamentarnych w 1935 r. został wybrany na senatora, a następnie stanął na czele Senatu. Po kolejnych wyborach w 1938 r. przegrał w głosowaniu decydującym o wyborze marszałka. Coraz ostrzej krytykował prezydenta Mościckiego i Obóz Zjednoczenia Narodowego.
Wojenne losy Prystora
18 września 1939 r. przekroczył granicę w Litwą. Wraz z żoną pomagał polskim uchodźcom. Po aneksji tego kraju przez Związek Sowiecki został aresztowany przez NKWD. Po długim śledztwie został skazany na karę śmierci, którą pod koniec lipca 1941 r. zamieniono na 10 lat więzienia. Zmarł z wycieńczenia oraz dyzenterii w ostatnich dniach lipca lub pierwszych dniach sierpnia 1941 r. (tuż przed „amnestią” ustaloną zapisami układu Sikorski-Majski). Część historyków uważa, że dożył października 1941 r. Jego symboliczny grób znajduje się na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie.
Został odznaczony m.in. Krzyżem Srebrnym Orderu Wojennego Virtuti Militari, Wielką Wstęgą Orderu Odrodzenia Polski, Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski, Krzyżem Niepodległości z Mieczami, Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski, Krzyżem Walecznych, Złotym Krzyżem Zasługi. (PAP)