Urodził się 19 lipca 1939 r. w Milanówku. Jest absolwentem VI Liceum Ogólnokształcącego im. Tadeusza Reytana w Warszawie (1956). Studiował polonistykę na Uniwersytecie Warszawskim oraz filozofię chrześcijańską na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Obronił doktorat z filozofii, a w 1995 r. habilitował się z historii. W 2011 r. otrzymał tytuł naukowy profesora nauk humanistycznych.
Wykładał na wielu uczelniach w Polsce i za granicą, w tym (w latach 1995–2011) na uczelniach Litwy, Białorusi, Ukrainy i Łotwy. Szczególnie interesuje się problematyką tożsamości duchowej narodów Europy Środkowej i Wschodniej.
Cywiński jako intelektualista katolicki
Cywiński jest jednym z najważniejszych intelektualistów katolickich czasów PRL. Był wieloletnim członkiem Klubu Inteligencji Katolickiej, publicystą „Więzi” oraz redaktorem naczelnym miesięcznika „Znak” do 1977 r. (krakowskie środowisko zmusiło go do rezygnacji po tym, jak uczestniczył w głodówce w kościele św. Marcina w Warszawie w obronie uwięzionych).
Był również współtwórcą Uniwersytetu Latającego i Towarzystwa Kursów Naukowych, którego był wykładowcą i rzecznikiem prasowym.
Cywiński jako doradca w Sierpniu '80
W sierpniu 1980 r. został, obok Tadeusza Mazowieckiego, Bronisława Geremka, Tadeusza Kowalika, Waldemara Kuczyńskiego, Jadwigi Staniszkis i Andrzeja Wielowieyskiego, członkiem Komisji Ekspertów przy Prezydium Międzyzakładowego Komitetu Strajkowego. Był także współredaktorem dokumentów porozumienia sierpniowego.
Był ponadto jednym z inicjatorów tworzenia „Solidarności”, został także zastępcą redaktora naczelnego „Tygodnika Solidarność”.
Cywiński na emigracji
W latach 1981–1990 przebywał na emigracji we Włoszech, w Szwajcarii i we Francji, gdzie organizował pomoc dla opozycji w kraju. Wydawał też kwartalnik „Widnokrąg”.
10 grudnia 1983 r. w Oslo Danuta Wałęsa wraz z synem Bogdanem odebrała przyznaną Lechowi Wałęsie Pokojową Nagrodę Nobla. Natomiast Cywiński odczytał następnego dnia przemówienie w imieniu noblisty.
Powrót Cywińskiego i praca naukowa
Po powrocie z emigracji zajął się pracą naukową.
W latach 2002–2004 zasiadał w Radzie Konsultacyjnej Centrum Monitoringu Wolności Prasy.
Postanowieniem prezydenta Lecha Kaczyńskiego z 14 czerwca 2006 r. za „wybitne zasługi dla rozwoju niezależnego dziennikarstwa i wolnych mediów w Polsce, za działalność na rzecz przemian demokratycznych, za osiągnięcia w pracy w +Tygodniku Solidarność+”, został odznaczony Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski.
W latach 2007–2010 zasiadał w Kapitule Orderu Odrodzenia Polski.
Rodowody Niepokornych” Cywińskiego
Jedną z najbardziej znanych jego publikacji są „Rodowody Niepokornych” z 1971 r. Jest to książka, która przyczyniła się do ukształtowania pokolenia kontestatorów z lat siedemdziesiątych i osiemdziesiątych oraz (przynajmniej częściowego) porozumienia pomiędzy solidarnościową lewicą a prawicą. „Chyba najlepiej mentalny, emocjonalny i świadomościowy konglomerat, z którego zrodziła się opozycyjna inteligencja końca lat siedemdziesiątych i początku osiemdziesiątych, przedstawił Bohdan Cywiński w wydanej w 1971 r. książce +Rodowody niepokornych+. Opisuje w niej m.in. lewicową warszawską inteligencję końca XIX i początku XX wieku, pisze o różnych formach społecznej, politycznej i kulturowej walki z zaborcą o niepodległą i demokratyczną Polskę. Samokształcenie i samoorganizowanie się – to były główne elementy tradycji, do której odwoływali się +doradcy+ i zapewne większość inteligencji związanej z +Solidarnością+” – powiedział w rozmowie z PAP historyk prof. Andrzej Paczkowski.
Bohdan Cywiński jest autorem takich książek, jak „Zatruta humanistyka” (1978), „...Potęgą jest i basta” (1981), „Ogniem próbowane", (1982, 1990), „Doświadczenia polskie” (1984), „Mój kawałek Europy” (1994), „Idzie o dobro wspólne...” (2005), „Baśń niepodległa, czyli w stronę politologii kultury” (2006). W 2013 r. wydał monumentalne dzieło „Szańce Kultur. Szkice z dziejów narodów Europy Wschodniej”, w którym podjął się opisu zetknięcia z rosyjskim imperializmem dwunastu kultur położonych pomiędzy Rosją a trzema jej oponentami, Polską, Szwecją i Turcją. (PAP)