Urodził się 27 października 1901 r. w Żytomierzu. Pod koniec I wojny światowej wstąpił do Polskiej Organizacji Wojskowej, ale aby go przyjęto, sfałszował datę urodzenia, udając, że ma już osiemnaście lat. W POW ukończył szkołę wywiadu. Szybko awansował, a w wieku kilkunastu lat został komendantem Okręgu POW w Żytomierzu. Zasłynął ucieczką z bolszewickiego aresztu w 1919 r. Równolegle z zaangażowaniem w walkę o niepodległość eksternistycznie zdał maturę w rosyjskim gimnazjum w Żytomierzu. Wkrótce został skierowany do pracy w Oddziale II Sztabu Generalnego, czyli polskim wywiadzie wojskowym. Działał na swoim rodzinnym terenie.
Sukcesywnie awansował: przeszedł przez Sztab Generalny, 5. Pułk Piechoty Legionów, 10. Pułk Saperów, 3. Pułk Saperów, 3. batalion saperów, a także Centrum Wyszkolenia Saperów w Modlinie oraz sztab Generała do Prac przy Głównym Inspektoracie Sił Zbrojnych.
Niepokólczycki w Kedywie
We wrześniu 1939 r. w stopniu majora dowodził 60. batalionem saperów Armii „Modlin”, a w połowie września został oddany do dyspozycji gen. Juliusza Rómmla dowodzącego Armią „Warszawa”. 27 września Niepokólczycki włączył się w budowę konspiracyjnych struktur wojskowych. Po kapitulacji Warszawy dobrowolnie udał się do niemieckiej niewoli, skąd powrócił do Warszawy w połowie października. Mianowano go oficerem dywersji i sabotażu w Oddziale III Sztabu Służby Zwycięstwu Polski (przekształconej w Związek Walki Zbrojnej), równocześnie organizował Wydział Saperów.
Od 1940 r. tworzył Związek Odwetu, od 1942 r. był szefem Wydziału Saperów Komendy Głównej ZWZ (przekształconego później w Armię Krajową), a ponadto był organizatorem Biura Studiów Środków Walki Sabotażowo-Dywersyjnej, Biura Badań Technicznych oraz współtwórcą Kedywu – w styczniu 1943 r. mianowano go zastępcą płk. Augusta Fieldorfa „Nila”. W 1942 r. awansował na podpułkownika, a dwa lata później – na pułkownika. Brał także udział w Powstaniu Warszawskim – był dowódcą saperów oraz szefem produkcji uzbrojenia i materiałów wybuchowych. Po kapitulacji znalazł się w niemieckiej niewoli.
Niepokólczycki w Delegaturze Sił Zbrojnych
W kwietniu 1945 r. rozpoczął służbę w Delegaturze Sił Zbrojnych na Kraj – był zastępcą płk. Antoniego Sanojcy „Kortuma”, komendanta Obszaru Południowego DSZ. Po utworzeniu Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej opowiadał się za dalszą działalnością konspiracyjną. Był jednym z oficerów, którzy we wrześniu 1945 r. powołali Zrzeszenie „Wolność i Niezawisłość”. Początkowo pełnił dalej funkcję zastępcy Sanojcy, wówczas prezesa Obszaru Południowego WiN. Jednak już w listopadzie 1945 r., po aresztowaniu Sanojcy i prezesa I Zarządu Głównego WiN płk. Jana Rzepeckiego, zajął miejsce tego pierwszego. Wobec dekonspiracji i aresztowania najbliższych współpracowników Rzepeckiego to Niepokólczycki stanął na czele II Zarządu Głównego WiN. Kierował pracami Zrzeszenia do aresztowania w październiku 1946 r.
W czasie śledztwa prowadzonego najpierw w Warszawie, a później w Krakowie nie obciążał swoich podwładnych, lecz podkreślał, że wszelkie działania wykonywali oni z jego rozkazu i to on ponosi za nie odpowiedzialność.
Niepokólczycki skazany w procesie WiN
Proces rozpoczął się w sierpniu 1947 r. Wyrok został ogłoszony we wrześniu. Niepokólczycki i siedmiu jego współpracowników za działalność niepodległościową zostali skazani na karę śmierci. Chociaż odmówił wystosowania prośby o łaskę, jemu i czterem innym skazanym Bolesław Bierut złagodził orzeczoną karę. Niepokólczyckiemu karę śmierci zamieniono natomiast na dożywotnie więzienie. Był więziony we Wronkach i w Szczecinie, jednak odmawiał pisania próśb o łaskę, zakazał również tego swej żonie Annie. Został zwolniony z komunistycznego więzienia na fali politycznej „odwilży” w grudniu 1956 r. Z więzienia wyszedł schorowany, a przez kilka lat musiał poruszać się o lasce.
Zamieszkał w podwarszawskim Milanówku, a później w Brwinowie. Pracował w Stowarzyszeniu Wynalazców Polskich, Spółdzielni Pracy „Technomontaż” oraz Spółdzielni Inwalidów i Emerytów Kolejowych.
Po wyjściu z więzienia został objęty inwigilacją przez SB, a prowadzonej przeciwko niemu sprawie nadano kryptonim „Wino”. Otoczono go agenturą, a także obserwowano i dokumentowano fotograficznie jego działania, przeglądano korespondencję, podsłuchiwano rozmowy telefoniczne, próbowano wpływać na jego działania.
Niepokólczycki współpracował z prymasem kard. Stefanem Wyszyńskim, a z czasem organizował samodzielnie dopływ środków finansowych z Zachodu dla żołnierzy AK.
Zmarł 11 czerwca 1974 r. Został pochowany na cmentarzu w Brwinowie. (PAP)