Urodził się 27 listopada 1915 r. w Kodymie koło Odessy. Ojciec Szymon, był agronomem, matka Józefa, z domu Biernat.
Jako dziecko mieszkał w pobliżu Charkowa, w Zbarażu. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości rodzina Skalskich przeniosła się do Dubna w województwie wołyńskim, gdzie Stanisław ukończył Gimnazjum Realne im. Stanisława Konarskiego.
Studiował na Politechnice Warszawskiej, a potem w Szkole Nauk Politycznych. Próbował dostać się do Szkoły Podchorążych Rezerwy Lotnictwa, ale jego podanie odrzucono, gdyż był niepełnoletni. W 1934 r. w Polichnie w Górach Świętokrzyskich uzyskał kategorie szybowcowe „A” i „B”, a na wiosnę 1935 r., w ramach Przysposobienia Wojskowego Lotniczego, odbył kurs pilotażu samolotów w Łucku. Przerwał studia i rozpoczął służbę w wojsku.
Po kursie w Szkole Podchorążych Rezerwy Piechoty w Zambrowie, na początku 1936 r., rozpoczął szkolenie w Szkole Podchorążych Lotnictwa w Dęblinie („Szkole Orląt”). Potem szkolił się na pilota myśliwca w Wyższej Szkole Pilotażu w Grudziądzu, gdzie trzykrotnie karano go aresztem, m.in. dostał siedem dni za celowe, zbyt późne otwarcie spadochronu. Na stopień podporucznika pilota został promowany 15 października 1938 r. Przydzielono go do 142. Eskadry Myśliwskiej w 4 Pułku Lotniczym w Toruniu.
Skalski we wrześniu 1939 r.
W trakcie pierwszego tygodnia wojny wrześniowej strącił pięć niemieckich samolotów, stając się najskuteczniejszym polskim myśliwcem tego czasu i pierwszym alianckim asem II wojny światowej. Pierwsze wspólne zestrzelenie zaliczył już 1 września (oficjalnie nie przyznano mu udziału w zestrzeleniu). Zestrzelony Niemiec kapotował na zaoranym polu. Skalski wylądował obok i wziął do niewoli załogę, opatrzył rannych lotników i przekazał do sanitarki. 2 września strącił dwa Dorniery, wziął udział w zestrzeleniu Henschla, a potem samodzielnie strącił kolejnego Hs 126. Wziął udział w uszkodzeniu kolejnego samolotu. Ostatnim potwierdzonym zwycięstwem Skalskiego we wrześniu było strącenie Junkersa. Ostrzeliwał także niemiecką kawalerię. Przelatał 26 godzin.
Skalski w RAF
17 września ewakuował się do Rumunii. Nie dał się internować i greckim statkiem dopłynął do Bejrutu, a stamtąd 29 października 1939 r. dotarł do Francji. W styczniu odpłynął do Wielkiej Brytanii. Po przeszkoleniu myśliwskim przydzielono go do 302. Dywizjonu Myśliwskiego „Poznańskiego”. Kolejnym przydziałem bojowym był 501. Dywizjon Myśliwski RAF.
Tego samego dnia zestrzelił jednego Heinkla i uszkodził drugiego. W kolejnym dniu Bitwy o Anglię strącał kolejne samoloty wroga, póki sam nie został ranny w udo. Jego maszyna stanęła w płomieniach. Wyskakując, stracił przytomność. Spadochron podświadomie otworzył już po wygaśnięciu płomieni. Po rekonwalescencji wrócił do 501. Dywizjonu RAF.
Od 1 marca 1941 r. Skalski latał w 306. Dywizjonie „Toruńskim”, gdzie zaliczył kolejne zestrzelenia. Po roku przeniesiony został do 316. Dywizjonu „Warszawskiego”. Od 5 maja 1942 r. do 8 listopada dowodził 317. Dywizjonem „Wileńskim”. Awansował na brytyjskiego majora i polskiego kapitana. Od listopada 1942 r. szkolił pilotów w 58. Jednostce Szkolenia Operacyjnego.
„Cyrk Skalskiego”
W styczniu 1943 r. zgłosił swoją kandydaturę do polskiej jednostki, która miała walczyć w Afryce Północnej. Polski Zespół Myśliwski został nazwany „cyrkiem Skalskiego”. Po rozformowaniu zespołu Skalski objął dowództwo 601. Dywizjonu Myśliwskiego RAF (jako jeden z trzech Polaków, którzy dowodzili brytyjskimi dywizjonami). Latając z Malty, a potem z Sycylii, wziął udział w inwazji Włoch. Od grudnia 1943 r. dowodził 131. Skrzydłem Myśliwskim. Skalski strącił dwa ostatnie swoje samoloty, nie wystrzeliwując ani jednego pocisku. Jeden z Niemców zorientował się w niebezpieczeństwie i próbując zejść Polakowi z celownika, wpadł na swojego kolegę.
Działalność Skalskiego po wojnie
Skalski skończył wojnę z samodzielnie osiemnastoma i zespołowo dwiema zestrzelonymi maszynami wroga (poza tym uszkodził co najmniej pięć), co oznaczało, że był najskuteczniejszym polskim pilotem myśliwców. Zarówno Amerykanie, jak i Anglicy proponowali mu obywatelstwo. Skalski jednak wrócił do Polski w czerwcu 1947 r. Przyjęto go do lotnictwa ludowego Wojska Polskiego. Rok później, 4 czerwca 1948 r., bezpieka zatrzymała go pod zarzutem szpiegostwa i poddała brutalnemu śledztwu.
Stanisław Skalski 7 kwietnia 1950 r. został skazany na śmierć. Wyrok zamieniono mu na dożywocie. Rehabilitowany w kwietniu 1956, w 1972 r. przeszedł w stan spoczynku. W 1988 r. awansowany został na stopień generała.
Działalność Skalskiego po 1990 r.
W 1990 spotkał się w Niemczech z pilotem, którego strącił we wrześniu 1939 r., i bratem drugiego pilota. Niemcy gorąco podziękowali mu za pomoc, której im wtedy udzielił.
W 1991 z Chrześcijańskiej Demokracji, a w 1993 r. z Samoobrony bezskutecznie kandydował do Sejmu RP. W roku 2000 był członkiem komitetu wyborczego gen. Tadeusza Wileckiego. Zmarł 12 listopada 2004 r.
