Poniósł śmierć w dramatycznych i do dziś niewyjaśnionych okolicznościach. W styczniu 1989 r., na chwilę przed rozpoczęciem obrad Okrągłego Stołu, najpewniej zamordowany został kapłan niepokorny, przez lata związany z opozycją antykomunistyczną. Czy jego śmierć była zemstą funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa?
1989 rok był dla Polski i innych państw „demokracji ludowej” czasem zmian, wręcz przełomu. W 1989 r. rozpoczął się upadek komunizmu europejskiego i droga tych krajów do demokracji. W Polsce zapoczątkowały ją obrady Okrągłego Stołu, a przyspieszyły częściowo demokratyczne (a w przypadku Senatu w pełni wolne) wybory do parlamentu z 4 czerwca 1989 r. Pod koniec tego roku – w grudniu – więzienie opuścił również ostatni więzień polityczny Józef Szaniawski. Z drugiej strony nadal trwało niszczenie akt Służby Bezpieczeństwa, która zacierała ślady swojej – często przestępczej – działalności, a także ginęły ostatnie osoby z rąk tzw. nieznanych sprawców. I – co może zaskakiwać – nie byli nimi działacze opozycji, lecz osoby duchowne.
Sejm poparł uchwałę upamiętniającą 30. rocznicę śmierci księży Stefana Niedzielaka i Stanisława Suchowolca. Złożył w niej hołd „bohaterskim kapłanom, jak również wszystkim osobom duchownym, które zginęły w niewyjaśnionych okolicznościach, służąc wiernie Polsce w czasie komunistycznej dyktatury”.
Archiwum Instytutu Pamięci Narodowej pozyskało akta prokuratorskie dot. śmierci kapelana AK i uczestnika powstania warszawskiego ks. Stefana Niedzielaka oraz kapelana białostockiej Solidarności ks. Stanisława Suchowolca - poinformował w czwartek IPN.
W nocy z 20 na 21 stycznia 1989 r. zmarł w niewyjaśnionych okolicznościach proboszcz parafii św. Karola Boromeusza na Powązkach, ksiądz Stefan Niedzielak, kapelan AK i uczestnik powstania warszawskiego, współzałożyciel Rodziny Katyńskiej. Najprawdopodobniej było to morderstwo polityczne.