Urodził się 14 lutego 1892 r. w Warszawie. Kiedy ukończył Gimnazjum we Włocławku, wyjechał do Krakowa, gdzie od 1911 r. studiował medycynę na Uniwersytecie Jagiellońskim.
Pełczyński i wojsko
Z wojskiem związany był od młodości. Od sierpnia 1914 r. służył w Legionach Polskich: dowodził plutonem, a potem kompanią 6. pułku piechoty. W listopadzie 1915 awansował na stopień porucznika. Po kryzysie przysięgowym w lipcu 1917 r. został internowany w obozie w Beniaminowie.
Od listopada 1918 r. służył w Wojsku Polskim. Na początku dowodził kompanią, następnie batalionem 6. pułku piechoty Legionów. W styczniu 1920 r. został skierowany do Szkoły Podchorążych Piechoty w Ostrowi, gdzie niebawem objął dowództwo batalionu.
W latach 1921–1922 uczył się w Wyższej Szkole Wojennej w Warszawie. W czasie studiów należał do tajnej organizacji „Honor i Ojczyzna”. W 1922 r. wrócił do Szkoły Podchorążych Piechoty na stanowisko dowódcy batalionu. Od lipca 1924 pracował w Biurze Ścisłej Rady Wojennej, a od maja 1927 r. pełnił funkcję p.o. szefa. Od 1929 r. został szefem Oddziału II Sztabu Głównego.
W latach 1927–1929 wchodził w skład redakcji „Przeglądu Wojskowego” (redaktorem naczelnym był ppłk Stefan Rowecki).
Od marca 1932 pełnił funkcję dowódcy 5. pułku piechoty Legionów, a od października 1935 r. ponownie został szefem Oddziału II Sztabu Głównego. W tym czasie uczestniczył w pracach Komitetu ds. Narodowościowych przy prezesie Rady Ministrów.
Pełczyński w ZWZ-AK
Od stycznia 1939 r. dowodził 19. Dywizją Piechoty. Tą jednostką w składzie Armii „Prusy” dowodził we wrześniu 1939 r.
W konspiracji działał od października 1939 r. W tę działalność – jak czytamy w biogramie Pełczyńskiego zamieszczonym na stronie Muzeum Powstania Warszawskiego – został wciągnięty prawdopodobnie przez płk. Stefana Grota-Roweckiego. Jego początkowy przydział pozostaje jednak bliżej nieznany.
Od lipca 1940 r. pełnił funkcję komendant Okręgu ZWZ Lublin z siedzibą w Warszawie. W czasie kilkutygodniowych pobytów w Lublinie używał pseudonimów „Adam”, „Alois” oraz „Wolf”. Został jednak rozszyfrowany przez Niemców – w styczniu 1941 r. gestapo znało jego nazwisko rodowe. W marcu–kwietniu przekazał stanowisko komendanta Okręgu ZWZ Lublin płk. Ludwikowi Bittnerowi, a sam wrócił do Warszawy. Objął funkcję zastępcy Szefa Sztabu płk. Janusza Albrechta, a po jego aresztowaniu w lipcu 1941r. został mianowany Szefem Sztabu KG ZWZ.
Rozkazem z 10 września 1943 r. powierzono mu jednocześnie funkcję zastępcy Dowódcy AK gen. Tadeusza Bora-Komorowskiego. Od tego momentu do upadku Powstania Warszawskiego Pełczyński łączył funkcję Szefa Sztabu KG AK oraz zastępcy Dowódcy AK.
Rozkazem Naczelnego Wodza z 24 listopada 1943 r. został mianowany generałem brygady.
W kwietniu 1944 r. dowodził akcją „Jula”, w ramach której oddziały Kedywu dokonały przerwania linii kolejowych na trasach: Przeworsk–Rozwadów, Rzeszów–Przeworsk i Jasło–Sanok.
Pełczyński i Powstanie Warszawskie
Brał udział w podejmowaniu decyzji o wybuchu Powstania Warszawskiego. „Decyzja wojskowa zapadła w dyskusji, która odbyła się pomiędzy dowódcą AK gen. Tadeuszem Borem-Komorowskim, mną, jako szefem sztabu i zastępcą dowódcy i szefem operacji, gen. Leopoldem Okulickim. Było to 21 lipca, po zamachu na Hitlera. Wtedy widzieliśmy, że przez miasto wycofują się poturbowane oddziały jednostek niemieckich, wtedy wiedzieliśmy, że w naczelnym dowództwie niemieckim nie wszystko jest w porządku” – wspominał gen. Pełczyński na antenie Radia Wolna Europa. „Doszliśmy do wniosku, że nie będziemy mogli wyprowadzić oddziałów AK na zachód, że będziemy musieli walczyć w oparciu o miasto, tym bardziej że Armia Krajowa nie była armią polową” – dodał.
W czasie Powstania Warszawskiego został ciężko ranny odłamkiem w twarz. Stało się to 4 września w gmachu PKO przy ul. Świętokrzyskiej podczas niemieckiego bombardowania.
Po upadku zrywu razem z gen. Borem-Komorowskim przyjął defiladę odchodzących do niewoli oddziałów Warszawskiego Korpusu Armii Krajowej.
Pełczyński trafił do niemieckiej niewoli. Najpierw przebywał w Langwasser, gdzie poddał się operacji, która uratowała mu życie, a następnie od lutego 1945 r. był jeńcem Oflagu Colditz.
Po uwolnieniu w maju 1945 przez Paryż udał się do Londynu. Od lipca do listopada 1945 r. pełnił funkcję szefa gabinetu Naczelnego Wodza gen. Tadeusza Komorowskiego, a następnie do listopada 1947 r. – przewodniczącego Komisji Historycznej AK przy Sztabie Głównym w Londynie.
Pełczyński na emigracji
Po zdemobilizowaniu pozostał na emigracji. Został przewodniczącym utworzonego w grudniu 1945 Komitetu Organizacyjnego Koła AK, a od czasu jego I Zjazdu w marcu 1947 r. nieprzerwanie był członkiem jego Rady Najwyższej. Przez wiele lat był również wiceprzewodniczący RN Koła AK w Londynie.
W 1947 r. znalazł się w gronie współzałożycieli Studium Polski Podziemnej w Londynie, czyli jednej z najbardziej zasłużonych polskich placówek archiwalno-naukowych. Wśród założycieli Studium znaleźli się też m.in.: Tadeusz Bór-Komorowski, Antoni Monter-Chruściel, Andrzej Pomian, Tadeusz Żenczykowski, Kazimierz Iranek-Osmecki. Do 1982 r. był przewodniczącym Zarządu, a w latach 1956–1969 także przewodniczącym Rady Studium Polski Podziemnej. Był również aktywny w środowisku kombatanckim.
Zmarł 3 stycznia 1985 r. w Londynie, gdzie został pochowany. W roku 1995 został ekshumowany i przeniesiony do grobu rodzinnego na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach. (PAP)